Au Kenya, l'infection des domadaires par le MERS-CoV pourrait voir un rythme saisonnier et l'infection des humains au contact des dromadaires est documentée
Un article publié dans la revue Emerging Infectious Disease rapporte une étude menée au Kenya sur le coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV).
De septembre 2022 à septembre 2023, des échantillons ont été recueillis sur 10 à 15 dromadaires, 4 à 5 jours par semaine, dans un centre d'abattage à Isiolon dans le nord du Kenya. Les chameaux (n = 2 711) étaient originaires de 12 circonscriptions administratives différentes, principalement de Laisamis dans le comté de Marsabit (n = 1 841, 67,9 %) et de Burat dans le comté d'Isiolo (n = 578, 21,3 %). L'ARN du MERS-CoV a été détecté chez 1,3 % des chameaux. Le taux cumulé de positivité de l'ARN était plus élevé en septembre-octobre 2022 (5,0 %) qu'en janvier-mars 2023 (2,3 %). L'incidence était biphasique, présentant des pics de détection au cours des premières semaines d'octobre 2022 (11,7 %) et de février 2023 (12,1 %). L'analyse phylogénétique a montré que les virus identifiés appartenaient au clade C2.2, qui englobe les souches d'Afrique de l'Est initialement détectées au Kenya en 2018.
Pour vérifier si la positivité biphasique de l'ARN du MERS-CoV s'accompagne d'une augmentation des taux d'IgG anti-MERS-CoV, 369 échantillons de sérum de chameaux ont été testés. La séroprévalence des IgG anti-MERS-CoV était de 80,76 %. Les niveaux d'IgG les plus bas ont été identifiés en juin, tandis que les niveaux les plus élevés ont été observés en mars. Les taux d'IgG anti-MERS-CoV étaient négativement associés à la positivité de l'ARN. La positivité de l'ARN était négativement associée à la saison sèche vs. humide. Les chameaux mâles étaient plus susceptibles d'être positifs à l'ARN et moins susceptibles d'être séropositifs que les chameaux femelles. Les animaux plus âgés (>3 ans) étaient plus susceptibles d'être séropositifs (86%) que les animaux ≤3 ans (72%), mais cette différence n'était pas statistiquement significative.
L'incidence biphasique globale du MERS-CoV qui n'avait pas été montrée antérieurement. Une explication pourrait être la courte période d'excrétion du virus chez les dromadaires infectés par le MERS-CoV, qui rend la détection de l'ARN viral difficile sans une surveillance quotidienne. Le premier facteur potentiel susceptible d'influencer les foyers est l'augmentation des interactions entre animaux, car les chameaux de différents troupeaux sont transportés à Isiolo et gardés ensemble dans des enclos avant l'abattage, ce qui pourrait favoriser les foyers de MERS-CoV. Deuxièmement, l'augmentation des interactions entre les animaux immunologiquement naïfs et les animaux infectés pendant le transport et dans les parcs d'attente accroît la probabilité de transmission du MERS-CoV.
Cette répartition pourrait être liée à des facteurs saisonniers, tels que l'alternance biannuelle des saisons humides et sèches dans le nord du Kenya. Pendant les saisons sèches, les troupeaux se rassemblent en utilisant un fourrage limité, puis migrent de nouveau vers leur point d'origine pendant les saisons humides. Comme les naissances ont lieu principalement pendant les deux saisons des pluies, la perte de protection par les anticorps maternels coïncide avec les saisons sèches. Il convient de noter que les deux saisons sèches de juillet-octobre 2022 et de janvier-février 2023 correspondent aux pics de positivité de l'ARN du MERS-CoV d'octobre 2022 et de février 2023. La combinaison de chamelons immunologiquement naïfs et peut-être infectés, et l'augmentation de la densité de population et de la probabilité de contact à des points d'eau limités, spécifique à la saison sèche, pourraient favoriser les infections par le MERS-CoV et les transmissions entre les chameaux.
Les auteurs ont par ailleurs recherché la présence d'anticorps anti- MERS-CoV chez les employés de l'abattoir. Sept travailleurs sur les 48 testés possédaient des anticorps, une réactivité croisée avec une réponse à l'infection par le SARS-CoV-2 ou le vaccin ayant été écartée. Une cohorte témoin (n = 12) sans antécédents d'exposition au chameau n'a montré aucune réactivité vis à vis du MERS-CoV. Aucun des travailleurs de l'abattoir n'a présenté de symptômes graves au cours des dernières années, ce qui confirme l'hypothèse selon laquelle les souches du clade C pourraient avoir une pathogénicité et une transmissibilité limitées.
Source : Emerging Infectious Disease