Le point sur les infections à SARS-CoV-2 chez l'animal

Publié le 4 nov. 2020 à 21h54

Biographie

Médecin biologiste.

La covid 19 est une zoonose, c'est-à-dire une maladie transmissible de l'animal à l'homme. Le coronavirus SARS-CoV-2, qui en est l'agent causal, présente 79 % d'homologie avec le SARS-CoV-1 et 52 % d'homologie avec le MERS-CoV, deux virus qui auraient pour réservoir la chauve-souris. Les virus les plus proches phylogénétiquement du SARS-CoV-2 sont des coronavirus de la chauve-souris, notamment le RaTG13-CoV (96 % d'homologie). Cependant, les lieux de vie des chauves-souris étant éloignés des communautés humaines, la transmission inter-espèces a probablement nécessité un hôte intermédiaire, comme l'ont été la civette palmée pour le SARS-CoV-1 ou le dromadaire pour le MERS-CoV. Le SARS-CoV-2 possède à sa surface une protéine appelée "Spike" en anglais, ou encore protéine S ou protéine de pointe. La protéine S a deux sous-unités, S1 et S2 ; une partie de S1 appelée RBD (pour "receptor-binding-domain") se lie à un récepteur spécifique présent sur certaines cellules humaines, en particulier les cellules du poumon. le récepteur ACE2. Le domaine RBD situé sur la protéine S du SARS-CoV-2 est retrouvé quasiment à l'identique chez un coronavirus du pangolin, accréditant l'hypothèse du rôle du pangolin comme hôte intermédiaire. Mais, à ce jour, il n'y a pas suffisamment de preuves scientifiques pour identifier formellement la source du virus ou pour expliquer la voie de transmission initiale à l'homme.

Dans ce contexte, l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) a considéré que l'infection des animaux par le SARS-CoV-2 répondait aux critères d'une maladie émergente et que tout cas d'infection d'animaux par le SARS-CoV-2 devrait être signalé, conformément au Code sanitaire pour les animaux terrestres.

Le premier cas signalé de transmission du SARS-CoV-2 de l'homme à l'animal a concerné un Loulou de Poméranie à Hong-Kong vivant au contact d'un malade atteint de covid 19.

1. État des lieux de la transmission du SARS-CoV-2 aux animaux

1.1. Données expérimentales

Les études d'infection expérimentale par le SRAS-Cov-2 chez l'animal ont pour but d'identifier un modèle animal expérimental, mais aussi d'identifier les espèces animales réceptrices et d'évaluer le risque de transmission du virus au sein d'une même espèce.

Un certain nombre d'études ont porté sur les primates non humains. Le singe vert (Chlorocebus sabaeus), le ouistiti (Callithrix jacchus) et plusieurs espèces de macaques (Macaccus rhesus, M. mulatta et M. fascicularis) peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 par inhalation d'aérosols ou par voie muqueuse. Ils sont non ou peu cliniquement symptomatiques et produisent une réponse anticorps avec synthèse d'anticorps neutralisants. A l'exception de C. jacchus, ils présentent une atteinte pulmonaire à l'imagerie. L'effet protecteur des anticorps neutralisants a pu être montré par l'échec de tentatives de réinfection (PLoS Pathog. 2020 Sep 18;16(9):e1008903., Cell Res. 2020 Aug;30(8):670-677., Lab Anim (NY). 2020 Jun;49(6):174, Signal Transduct Target Ther. 2020 Oct 19;5(1):157.)

Le hamster doré est sensible au SARS-CoV-2. L'expression clinique de l'infection est limitée à une perte de poids transitoire et le virus est rapidement éliminé. Le hamster développe des anticorps neutralisants. Le SARS-CoV-2 a pu être transmis efficacement de hamsters inoculés à des hamsters naïfs par contact direct et par aérosols (Nature. 2020 Jul;583(7818):834-838).

Une étude a consisté à inoculer par voie nasale 9 chiens viverrins, un canidé sauvage élevé en Chine pour sa fourrure connu comme sensible au SARS-CoV. Six ont été ensuite testés positifs pour le virus par PCR et le SARS-CoV-2 a pu être isolé chez les animaux ayant une forte charge virale en PCR. Quatre chiens sur 9 ont séroconverti. Les chiens vivérins sont restés asymptomatiques. Trois chiens viverrins naïfs ont été mis au contact des animaux inoculés ; le SARS-coV-2 a été transmis à deux d'entre-eux (Emerg Infect Dis. 2020 Oct 22;26(12)).

Un test d'inoculation du virus a été fait sur 6 veaux. Deux ont été ensuite testés positif pour le virus en PCR avec une faible charge virale et ont montré une séroconversion spécifique. Les veaux sont restés asymptomatiques. Les auteurs concluent à une faible sensibilité des bovins au SARS-CoV-2 et à une absence de protection conférée par une infection préalable par un coronavirus bovin ; tous les veaux possédaient des anticorps spécifiques du BCoV (Emerg Infect Dis.2020 Oct 9;26(12)).

Le SARS-CoV-2 a été inoculé par voie intranasale à neuf chauves-souris frugivores (Rousettus aegyptiacus). Sept chauves-souris sur neuf ont développé une infection transitoire cliniquement asymptomatique mais avec une rhinite mise en évidence à l'examen histopathologique après euthanasie. Elles produisent des anticorps neutralisants. Trois chauves-souris naïve ont été mises au contact des chauve-souris inoculées, l'une d'elles a été infectée (Lancet Microbe. 2020 Sep; 1(5): e218–e225).

Plusieurs travaux ont porté sur le furet. Cette espèce est sensible su SARS-CoV-2 inoculé par voie nasale. Le furet développe une infection en général non symptomatique et produit des anticorps neutralisants. Les furets infectés sont capables de transmettre efficacement le virus à des animaux naïfs placés à leur contact (3 sur 3 dans une étude). (Lancet Microbe. 2020 Sep; 1(5): e218–e225., Science. 2020 May 29; 368(6494): 1016–1020., Cell Host Microbe. 2020 May 13; 27(5): 704–709.e2.).

Plusieurs travaux ont porté sur le chien et le chat. Une étude expérimentale a consisté à inoculer par voie nasale le SARS-CoV-2 chez 5 chats adultes et 3 chiens. Les chats sont très sensibles à l'infection avec une période prolongée d'excrétion de virus réplicatif et une production d'anticorps neutralisants qui a empêché la réinfection après une deuxième inoculation virale. Les chats infectés ont transmis l'infection à deux chats naïfs mis à leur contact. À l'inverse, les chiens n'excrètent pas le virus après l'infection, mais ils développent une réponse d'anticorps neutralisants. Aucun animal n'a montré de signe clinique. Une seconde étude qui a montré des résultats identiques chez des chats adultes a révélé que les jeunes chats (70 à 100 jours) paraissaient plus sensibles au virus, avec des atteintes histopathologiques majeures des muqueuses nasale et trachéale et du poumon (Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Oct 20;117(42):26382-26388., Science. 2020 May 29; 368(6494): 1016–1020).

Le porc, le poulet et le canard ne sont pas sensibles au SARS-CoV-2 (Lancet Microbe. 2020 Sep; 1(5): e218–e225. Science. 2020 May 29; 368(6494): 1016–1020).

1.2. Transmission du SARS-CoV-2 aux animaux domestiques et sauvages

a. Animaux de compagnies 

Quelques dizaines de cas d'infections ont été rapportées chez les chiens et les chats dans l'entourage de malades atteints de covid 19. Le bilan des signalements à ce jour est le suivant. Il faut retenir que la plupart des cas ont été diagnostiqués dans le cadre d'une recherche active d'une infection chez les animaux de compagnie de malades du covid 19. Une sous-estimation des infections à SARS-CoV-2 chez l'animal de compagnie est donc probable.

Aux Etats-Unis, 31 chats et 23 chiens infectés par le SARS-CoV-2 ont été identifiés. Dans 28 cas, ces infections ont été diagnostiquées dans le cadre d'une recherche active chez les animaux de compagnies de malades. Le diagnostic était fait par RT-PCR dans 34 cas et exclusivement par sérologie dans 20 cas. Les chats étaient en général symptomatiques avec des signes respiratoires, contrairement aux chiens.

Au Japon, 4 chiens asymptomatiques ont été identifiés comme infectés dans le cadre d'un dépistage systématique organisé par une société en charge de leur garde du fait d'une hospitalisation pour covid 19 des propriétaires.

Au Chili, une recherche active autour de cas humains a permis d'identifier trois chats infectés. La comparaison avec le virus isolé chez le propriétaire a montré une parfaite identité des souches. 

Il en a été de même à Hong Kong qui a signalé au total 4 foyers animaux touchant 6 chats et 4 chiens, tous asymptomatiques (Notifications à l'OIE sous les numéros 35169, 33832, 33684, 33455).

Au Brésil, en octobre 2020, un chat infecté a été identifié dans le cadre d'une enquête autour d'un malade du covid 19. La recherche du SARS-CoV 2 chez le chien qui vivait dans le même foyer était négative.

L'infection d'un chat a été signalée respectivement en Angleterre et en Russie, mais aucune information sur le contexte n'a été fournie à l'OIE.

Le taux de positivité du dépistage chez les chiens et chats de compagnie des malades atteints de COVID-19 est variable : 40 % (29/73) aux USA, 85 % (11/13) à Hong Kong, 80 % (4/5) au Japon et 100 % au Chili, en Angleterre et en Russie. Les données sont limitées, mais il semble que l'infection à SARS-CoV-2 n'ait pas de conséquence majeure chez le chien ou le chat.

1.2. Animaux en captivité

Trois épisodes d'infection de grands félins ont été rapportés depuis le début de la pandémie.

Le premier est survenu en mars 2020 aux Etats-Unis dans un zoo du Bronx à New-York et concernait 3 lions et 4 tigres, tous symptomatiques, pour qui une contamination par un humain asymptomatique était supposée. Le second, décrit en juillet 2020 en Afrique du Sud dans un zoo de Johannesburg, concernait un puma contaminé probablement par un soigneur malade. Le troisième épisode a été rapporté en octobre 2020 aux Etats-Unis dans un zoo de Knoxville dans le Tennessee. Trois tigres de Malaisie qui présentaient des signes respiratoire et une fatigue ont été testés vis-à-vis du SARS-CoV2, le test était positif dans un cas. La source évoquée était un soigneur malade.  

1.3. Animaux d'élevage 

Seuls les visons élevés pour leur fourrure paraissent concernés. L'infection par le SARS-CoV-2 chez les visons d'élevage concerne de nombreux pays. Elle se caractérise par une maladie respiratoire responsable d'un taux de mortalité accru et la transmission entre animaux d'un même élevage est importante avec des taux d'animaux infectés qui peuvent atteindre 90 %.

a. Europe

Les Pays Bas possèdent 125 élevages de vison. La première épidémie de covid 19 chez des visons d'élevage a été signalée en avril 2020. A ce jour, au moins 68 élevages sont concernés dans le pays. La source de contamination évoquée est le personnel employé dans ces élevages. Ces épidémies ont conduit à un abattage total dans les élevages concernés et les Pays-Bas ont mis en œuvre un programme d'arrêt de cette activité pour le printemps 2021. L'analyse de ces épidémies a fourni plusieurs informations : dans ce contexte particulier, une transmission du SARS-CoV-2 du vison aux employés des élevages est probable, expliquant dans certaines structures des taux d'infection de 50 % chez les personnels ; le virus a été mis en évidence dans les poussières au sein des locaux mais pas dans l'air extérieur ; la recherche d'une infection chez les chiens présents autour des élevages était négative, par contre plusieurs chats ont été diagnostiqués infectés dans 6 élevages, mais leur rôle dans l'extension de l'épidémie est discuté.

En Espagne, en mai 2020, un élevage situé dans la région autonome d'Aragon (La Puebla de Valverde) a été touché, conduisant à l'abattage de 93 000 visons. L'origine de cette épidémie est discutée mais une source humaine est suspectée. La transmission du virus à certains employés est également suspectée.

Un élevage de vison aurait été également touché en Italie. Les informations sur cet épisodes son très limitées, aucun signalement n'ayant été fait via le système de signalement mis en place par l'OIE.

Au Danemark, premier pays producteur de fourrure de vison avec 1 200 élevages, une première épidémie a été signalée en juin 2020 dans le nord du Jutland. Aujourd'hui, plusieurs dizaines d'élevages sont touchés. Dans ce cas, un abattage total des visons est fait dans l'élevage concerné ainsi que dans ceux qui se trouvent dans un rayon de 8 km. Plus d'un million de visons seraient concernés. L'origine de l'épidémie n'est pas identifiée. Une étude est en cours pour étudier le rôle de la faune sauvage dans son extension. Le SARS-Cov-2 sera recherché de manière systématique chez tous les visons, chiens viverrins, martres, furets, blaireaux, loutres et renards tués à la chasse ou par la circulation dans les municipalités de Hjørring et Frederikshavn, et ce jusqu'au 31 décembre 2020. Le 4 novembre, dans une conférence de presse, le gouvernement danois aurait proposé l'abattage total des 15 à 17 millions de visons d'élevage du Danemark pour éviter le développement d'un réservoir animal est limiter la transmission du SARS-CoV-2 de l'animal à l'homme (au Danemark, 783 cas de covid 19 auraient pour origine le vison dont 12 cas seraient dus à un virus muté).

b. États-Unis

Le premier signalement remonte à juillet 2020 dans l'Utah. A ce jour 11 épidémies ont été déclarées : 9 dans l'Utah, une dans le Michigan et une dans le Wisconsin. Une contamination d'origine humaine est évoquée dans les 11 cas. Ces épidémies ont touché  88 651 visons dont 12 231 sont morts.

2. Quelles informations tirer de ces données ?

Les CDC (Centers for Disease Control and Prevention) des USA et les données de la littérature fournissent un certain nombre de réponse aux questions que l'on peut se poser.

2.1. Quel est le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l'animal à l'homme ?

Si le SARS-CoV-2 a une origine probablement animale, la pandémie actuelle de covid 19 est quasi-exclusivement liée à la transmission interhumaine du virus. Cette transmission se fait principalement de personne à personne par des gouttelettes respiratoires ou des aérosols provenant de la toux, des éternuements ou de la parole et émises par des personnes infectées, qu'elles soient symptomatiques ou non.

À l'heure actuelle, rien ne prouve que les animaux jouent un rôle important dans la propagation du virus qui provoque la covid 19. Le risque que les animaux transmettent la covid 19 à l'homme est considéré comme très faible.

2.2. Quel est le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l'homme aux animaux ?

Les données de la surveillance animale révèlent que le SARS-CoV-2 peut se transmettre de l'homme à l'animal dans certaines situations, notamment après un contact étroit avec une personne malade atteinte de covid 19. Il n'en reste pas moins que ces événements paraissent rares au regard de l'importance de la pandémie et de la fréquence des contacts entre malades et animaux potentiellement réceptifs.

La transmission de SARS-CoV-2 des humains infectés aux animaux peut se faire lors d'un contact direct du museau ou de la gueule des animaux avec des mains souillées par des gouttelettes respiratoires ou de la salive ou par gouttelettes lors d'éternuements, d'efforts de toux ou simplement en parlant. Cette transmission sera facilitée par certains comportements inadaptés tels qu'embrasser son animal ou lors de contacts rapprochés prolongés (animal sur les genoux ou dans le lit…).

Quelques études ont essayé d'évaluer l'efficacité de la transmission de l'homme aux chiens et aux chats de compagnie. Une étude rétrospective menée à Wuhan en Chine a comparé 102 échantillons collectés chez des chats après l'émergence de covid 19 à 39 échantillons recueillies avant l'épidémie. Sur les 102 échantillons, 15 possédaient des anticorps ayant pour cible le RBD du SARS-CoV-2. Parmi ces 15 échantillons, 11 avaient des anticorps neutralisants contre le SARS-CoV-2. Sur les 39 échantillons prélevés avant l'épidémie, 29 ne possédaient pas d'anticorps. Aucun chat avec sérologie positive n'a montré de signe clinique. En l'absence de réaction croisée avec d'autres virus félins, les auteurs ont suggéré que la population de chats étudiée à Wuhan a été infectée par le SARS-CoV-2 après le début de l'épidémie. (Emerg Microbes Infect. 2020; 9(1): 2013–2019.)

En France, la présence de SARS-Cov-2 a été recherchée chez 21 animaux de compagnie (9 chats et 12 chiens) appartenant à un groupe de 18 étudiants vétérinaires, dont 11 présentaient des signes compatibles avec la covid 19, deux ayant une RT-PCR positive pour le SARS-CoV-2. Sur les 21 animaux, seuls trois chats ont présenté une symptomatologie digestive. L'ensemble des sérologies et des RT-PCR réalisées sur des échantillons nasaux et rectaux se sont révélés négatives (One Health. 10 (2020) 100164.)

3. Faut-il prendre des précautions particulières ?

Les CDC (Centers for Disease Control and Prevention) des USA et les gouvernements ou organismes de santé publique de certains pays européens ont proposé un certain nombre de recommandations. C'est le cas par exemple au Royaume-Uni ou aux Pays Bas. Il en est de même d'associations professionnelles vétérinaires telles que la British Veterinary Association ou l'American Veterinary Medical Association.

3.1. Des règles sont à appliquer de manière systématique

Lors de la manipulation et des soins aux animaux, y compris hors contexte de covid 19, des mesures d'hygiène de base doivent être mises en œuvre de manière permanente. Il s'agit notamment :

  • de se laver les mains avant et après avoir été en présence d'animaux ou après avoir manipulé des animaux, leur nourriture ou des fournitures ;
  • d'éviter d'embrasser, de se faire lécher par des animaux ou de partager de la nourriture.

Dans le contexte pandémique actuel, les CDC recommandent :

  • dans la mesure du possible, de garder les chats à l'intérieur et ne pas les laisser vagabonder librement à l'extérieur ;
  • de promener les chiens en laisse à une distance d'au moins 2 mètres des autres ;
  • d'éviter les lieux publics où un grand nombre de personnes se rassemblent ;
  • de parler à son vétérinaire si son animal tombe malade ou si l'on est inquiet ;
  • de consulter son vétérinaire en cas de questions sur les produits appropriés pour le bain ou le nettoyage de son animal de compagnie.

Par contre, un certain nombre de mesures qui peuvent nuire à l'animal sont à éviter :

  • ne pas mettre de masque aux animaux de compagnie ;
  • ne pas essuyer ni baigner sont animal de compagnie avec des désinfectants chimiques, de l'alcool, du peroxyde d'hydrogène ou d'autres produits, tels que du désinfectant pour les mains, des lingettes de nettoyage ou d'autres nettoyants industriels ou de surface.

3.2. Quelles mesures de précaution faut-il prendre lorsque des animaux de compagnie ou d'autres animaux sont en contact étroit avec des humains dont on soupçonne ou dont on sait qu'ils sont infectés par le SARS-CoV-2 ?

Étant donné que les animaux et les humains peuvent tous deux être infectés par ce virus zoonotique, il est recommandé aux personnes dont l'infection par le SARS-CoV-2 est suspectée ou confirmée de réduire les contacts directs étroits avec les animaux au maximum, y compris avec les animaux de ferme, les animaux de zoo, les autres animaux captifs et les animaux sauvages, en particulier les espèces qui se sont révélées sensibles à l'infection.

Leurs animaux de compagnie devraient être confiés à une autre personne.

Si les malades doivent impérativement s'occuper de leurs animaux de compagnie, ils doivent maintenir de bonnes pratiques d'hygiène et porter un masque facial si possible. Les animaux appartenant à des propriétaires infectés par le SARS-CoV-2 doivent être gardés à l'intérieur, conformément aux recommandations de confinement pour les humains applicables dans le pays et tout contact avec ces animaux doit être évité autant que possible.

Compte tenu des données issues de l'expérience des Pays-Bas, des mesures drastiques doivent être envisagées dans les élevages de visons pour éviter l'introduction du SARS-CoV-2 chez ces animaux, afin de réduire le risque de propagation ultérieure entre les animaux et les humains et pour réduire le risque d'établissement d'un réservoir animal.

Il n'est par contre pas justifié de prendre des mesures visant les animaux de compagnie qui pourraient compromettre leur bien-être.

3.2. Y-a-t-il des précautions à prendre avec les animaux vivants ou les produits d'origine animale ?

Bien qu'il y ait des incertitudes quant à l'origine du SARS-CoV-2, conformément aux conseils de l'OMS, il convient, à titre de précaution, d'appliquer des mesures d'hygiène générales.

Les recommandations standard émises par l'OMS pour prévenir la propagation de l'infection chez l'homme doivent être appliquées en permanence : lavage régulier des mains, se couvrir la bouche et le nez avec le coude lorsqu'on tousse et qu'on éternue et éviter tout contact étroit avec toute personne présentant des symptômes de maladie respiratoire tels que la toux et l'éternuement. 

Lors de la visite de marchés vendant des animaux vivants ou des produits d'origine animale crus il est nécessaire :

  • d'assurer une hygiène régulière des mains après avoir touché des animaux ou des produits animaux ;
  • d'éviter de se toucher les yeux, le nez ou la bouche ;
  • d'éviter tout contact avec des animaux malades ou des produits animaux avariés ainsi qu'avec d'autres animaux présents sur le marché (chats et chiens errants, rongeurs, oiseaux, chauves-souris) ;
  • d'éviter tout contact avec des déchets ou des liquides d'origine animale sur le sol ou les surfaces des magasins et des installations du marché.

Conformément aux bonnes pratiques générales d'hygiène alimentaire, la viande, le lait ou les organes d'animaux crus doivent être manipulés avec précaution, afin d'éviter toute contamination croisée potentielle avec des aliments non cuits. La viande provenant d'animaux sains, préparée et servie conformément aux principes d'hygiène et de sécurité alimentaire, reste propre à la consommation.