Intérêt des prélèvements salivaires dans le diagnostic de covid 19 par amplification génique (RT-PCR)

Publié le 9 juil. 2021 à 16h44

Biographie

Médecin biologiste.

L'utilisation de la vaccination contre la covid dépend de l'existence ou non d'un antécédent de covid. Le diagnostic d'une infection par le SARS-CoV-2 (le coronovirus responsable de la covid 19) peut être direct ou indirect.

Le diagnostic direct fait appel à des tests qui détectent la présence du virus lui-même. Il repose sur l'examen d'échantillons biologiques où le virus a des chances d'être présent, notamment respiratoires dans le cas de la covid 19, d'où la réalisation du fameux prélèvement naso-pharyngé. Mais d'autres échantillons peuvent contenir le virus, en particulier la salive, qui est plus facile à recueillir.

Le diagnostic indirect détecte les anticorps spécifiques produits par l'être humain en réaction à l'infection virale. Il repose sur l'examen d'un échantillon de sang et plus précisément du sérum, où se trouvent les anticorps. Le sérum est la fraction du sang obtenue après coagulation. Mais le diagnostic sérologique n'est pas l'objet de cet article. Nous y reviendrons dans un article spécifique, cette méthode ayant été récemment recommandée pour optimiser la vaccination.

En pratique, un moyen de montrer qu'un virus est présent dans un échantillon biologique consiste à y détecter son génome, c'est-à-dire des molécules d'acide ribonucléique (ARN). Pour révéler la présence de ces molécules, on utilise une technique d'amplification génique. Celle-ci consiste à obtenir une grande quantité, plus facilement détectable, d'un fragment d'ARN spécifique du SARS-CoV-2. La technique s'appelle RT-PCR, qui est un acronyme anglais : "RT" pour Reverse Transcription (car avant d'amplifier l'ARN viral il faut transformer les copies existantes en acide désoxyribonucléique ou ADN) ; PCR pour Polymerase Chain Reaction, car cette technique consiste à obtenir deux copies de chaque fragment initial, puis deux copies de chaque nouvelle copie, et ainsi de suite jusqu'à l'obtention d'une quantité détectable de l'ARN cible. 

Un autre moyen de montrer qu'un virus est présent dans un échantillon biologique est d'y révéler la présence d'un antigène viral : un antigène est un composant du virus (le plus souvent une protéine ou un fragment de protéine) capable de susciter une réponse immunologique spécifique. On utilise la spécificité de la liaison entre un antigène et un anticorps pour révéler la présence de ce composant du virus.

Les tests diagnostiques de la covid font l'actualité avec l'élargissement récent des indications des tests dits « salivaires ». Cette nouvelle a pour objectif de faire un point sur le prélèvement salivaire et son utilisation pour les tests d'amplification génique. 

A. Rappels sur les tests d'amplification génique

1. Les tests d'amplification génique utilisés pour  le diagnostic des infections par le SARS-CoV-2

Ces tests permettent la mise en évidence du SARS-CoV-2 seul ou d'autres virus responsables d'infections respiratoires (on parle alors de tests multiplex).

1.1. Les tests « simples »

Ces tests peuvent être classés en fonction de la technique mise en oeuvre.

Technique « RT-PCR »

La RT-PCR recherche l'ARN du SARS-CoV-2 ; celui-ci est d'abord transcrit en ADN puis amplifié par une succession de cycles qui soumettent l'échantillon à différentes températures. La RT-PCR est automatisable, ce qui permet de traiter un nombre important d'échantillons en même temps (plus de 90). La réalisation du test lui-même prend 2,5 h à 4 h ; en pratique, le résultat est obtenu dans les 24 heures, compte tenu de la gestion en amont (transport, enregistrement, contrôle au laboratoire) et an aval du test (validation biologique et médicale). La RT-PCR sur écouvillonnage nasopharyngé est actuellement la technique la plus employée. Elle reste l'examen de référence pour le diagnostic et le dépistage de l'infection à SARS-CoV-2.

Technique « RT-LAMP »

La RT-LAMP recherche l'ARN du SARS-CoV-2 par transformation en ADN et amplification isothermique à médiation en boucle. Ce type de test utilise de petits automates portables permettant la réalisation de 1 à moins de 10 tests par série en 30 à 40 min. Ils sont destinés à une utilisation au plus près du malade. Ces tests reposent sur la mise en oeuvre de techniques dites « intégrées » ou non, chacune ayant fait l'objet de recommandations spécifique quant à la possibilité de les utiliser sur des prélèvements salivaires. Il s'agit d'une technique réputée plus adaptée aux conditions du terrain mais moins sensible que la PCR.

Technique « TMA »

La TMA est une technique d'amplification isothermique. La réalisation du test prend 3,5 heures et le test est automatisable, permettant l'analyse de grandes séries d'échantillons. En pratique on obtiendra un résultat en 24 heures. Sa sensibilité est équivalente à celle de la RT-PCR.

1.2. Les tests multiplex

Ils permettent à minima la recherche simultanée du SARS-CoV-2 et des virus de la grippe A et B. Certains tests permettent en plus la détection du virus respiratoire syncitial, voire d'autres virus ou bactéries respiratoires. La recherche des virus grippaux ne devrait avoir lieu qu'en période épidémique.

Ils sont basés sur la technique de RT-PCR ou PCR directe, de grande utilité dans le cadre du diagnostic d'urgence en milieu hospitalier ; mais ces test coûtent cher et ils ne permettent en général de traiter qu'un nombre limité d'échantillons.

2. Quels sont les tests autorisés en France ?

Les réactifs et automates utilisés pour les tests d'amplification sont des dispositifs médicaux de diagnostic in vitro.

Les réactifs utilisés comme test initial doivent détecter un moins deux régions du génome de l'ARN du SARS-CoV-2 et disposer d'un marquage CE, ou avoir été validés par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires.

En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé, permettant de détecter les principales mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou un possible échappement à la réponse immunitaire (L452R, E484K et E484Q). Aucune de ces mutations n'est spécifique d'un variant, mais la progression de la mutation L452R est clairement liée à la progression du variant Delta. Le criblage est complété par le séquençage des virus, qui permet d'identifier les variants et d'évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire. 

L'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé à la charge de s'assurer que les réactifs utilisés pour réaliser ces tests répondent aux exigences réglementaires ; elle alimente la base « Tests de diagnostic » de la Plateforme COVID-19 gérée sous la responsabilité du Ministère de la santé et des solidarités.

3. Qui réalise ces tests ?

Ces tests sont réalisés par un laboratoire de biologie médicale (LBM) ou sous sa responsabilité pour certains tests de première intention (on parle alors d'examen de biologie médicale délocalisée, qui répond à des règles et recommandations spécifiques). Compte tenu de la pandémie, ces tests peuvent également être réalisés par des laboratoires dits de renfort (laboratoires vétérinaires essentiellement).

4. Les laboratoires ont-ils le droit de « pooler » les échantillons ?

Le  « poolage »  est  le mélange de plusieurs échantillons de différents patients. Le  test PCR est réalisé sur ce mélange, permettant d'accélérer le dépistage. Ce poolage se fait  au prix d'une perte de sensibilité, qui est fonction du nombre d'échantillons mélangés. Ce poolage est régulièrement réévalué. Par un avis mis en ligne le 15/01/2021, le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) recommande :

  • de ne pas pratiquer de poolage dans le cadre d'une démarche diagnostique individuelle pour une personne prise en charge dans un établissement de santé ou médico-social, ou lorsque la personne est à risque de forme grave de covid 19.
  • de ne pas pratiquer le poolage lors d'une démarche de dépistage lorsque la prévalence de l'infection est de plus de 5 % dans la population testée. En effet, le risque plus élevé de positivité va obliger à ‘'dépooler'' plus souvent, faisant perdre le bénéfice du gain de temps.   
  • de n'envisager le poolage (de 5 à 10 échantillons) des échantillons que lorsque la prévalence de l'infection parmi la population testée est de moins de 5 % et à condition que cette pratique ne soit pas à l'origine d'un allongement des délais de rendu des résultats et d'une désorganisation du fonctionnement des laboratoires.

5. A quel moment de l'infection peut-on détecter la présence du virus ?

La présence du virus est détectable à un taux significatif 1 à 2  jours avant le début des symptômes, et jusqu'à une dizaine de jours après le début des symptômes dans les cas classiques (Figure 1). Mais un portage prolongé de l'ARN viral pendant plusieurs semaines est possible après la phase de guérison.

Figure 1 : Durée de positivité des tests PCR et antigéniques (source : Nature)


6. Quels prélèvements permettent de faire un test d'amplification génique ?

La qualité du prélèvement conditionne « l'efficacité » du test et donc la qualité du résultat. Le principe du prélèvement consiste à recueillir des cellules infectées par le virus.

D'une manière générale, ces prélèvements doivent utiliser des matériels qui répondent aux exigences du laboratoire réalisant l'analyse, celui-ci devant gérer la mise à disposition du matériel nécessaire.

Prélèvement naso-pharyngé

Il est considéré comme le prélèvement de référence car il se fait au plus près des sites préférentiels de réplication virale. Il est réalisé par un professionnel de santé formé.

Il peut être contre-indiqué en cas de maladie ou traitement entrainant des risques importants de saignement, de chirurgie récente ou de malformation complexe des fosses nasales. Il peut être difficile en cas d'obstruction des fosses nasales (déviation de la cloison nasale, orifice narinaire étroit, rhinite aiguë avec congestion des cornets, polypose nasale…).

Le prélèvement consiste à introduire un écouvillon par le nez en restant en position horizontale jusqu'à buter contre la paroi postérieure du rhinopharynx, puis à effectuer un mouvement de rotation.

Chez l'enfant, le prélèvement est plus difficile pour des raisons anatomiques (fosses nasales plus étroites, distance narine/rhinopharynx plus courte) et d'une moins bonne coopération. Chez les enfants de moins de 3 ans, l'indication du prélèvement nasopharyngé doit être discutée au cas par cas (les indications réelles sont rares) et le prélèvement doit être réalisé par un préleveur expérimenté en utilisant les moyens disponibles pour limiter la douleur (protoxyde d'azote, spray anesthésique local chez l'enfant de plus de 6 ans).

Il n'y a pas d'argument pour répéter le prélèvement en introduisant un nouvel écouvillon par la seconde narine.

Le prélèvement oropharyngé n'a plus sa place pour la réalisation des tests d'amplification génique.

Le prélèvement nasal, qui consiste à introduire un écouvillon d'environ 3 à 4 cm dans la narine en effectuant un geste de rotation douce, est actuellement réservé à la réalisation des tests antigéniques.

Le prélèvement salivaire ne peut pas être utilisé pour la réalisation d'un test antigénique, même si certains indiquent dans leur notice cette possibilité. Il a par contre sa place dans le cadre des tests d'amplification génique. Cet aspect sera développé dans cette nouvelle.

B. Les prélèvements salivaires et l'amplification génique

1. Intérêts et limites des prélèvements salivaires

Un prélèvement salivaire peut permettre la réalisation d'un test d'amplification génique qui va conserver une efficacité très satisfaisante par rapport à l'écouvillonnage naso-pharyngé. Il a été traduit dans les medias par le terme « test salivaire », raccourci parfois source d'incompréhension.

Les avantages de ce type de prélèvement sont : une tolérance nettement supérieure à celle du prélèvement NP, ce qui va faciliter l'acceptation des dépistages répétitifs, une simplicité de réalisation qui nécessite une formation simple, la possibilité d'auto-prélèvement qui pourra être supervisé par un personnel formé, ou réalisé de manière autonome par un patient, ainsi qu'une absence de limite d'âge. Il n'en reste pas moins que la réalisation de ce type de prélèvement chez l'enfant peut être difficile, et certaines aides sont proposées.

2. Réalisation du prélèvement

L'Avis de la Société Française de Microbiologie (SFM) du 29/09/2020 relatif à la réalisation des prélèvements salivaires pour la détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans le cadre du diagnostic de la covid 19 est reproduit ci-dessous.

2.1. Les différents modes de recueil de liquide salivaire

  • Recueil sans effort de toux ni de raclement de gorge par crachat simple d'un liquide salivaire SANS stimulation.
  • Recueil sans effort de toux ni de raclement de gorge par crachat simple d'un liquide salivaire APRÈS stimulation (ex : stimulation par la mastication).
  • Adsorption sur « Salivette® ».
  • Écouvillonnage sur la face interne de la joue.
  • Récupération à l'aide d'une pipette de recueil.
  • Recueil et conservation du liquide salivaire en solution tamponnée.

Le mode de recueil peut avoir des conséquences sur le liquide obtenu. Voici quelques exemples :

  • Le recueil après stimulation augmente le volume de liquide obtenu et peut modifier la concentration du paramètre à doser.
  • Lors d'un recueil en solution tamponnée, le liquide salivaire est dilué.
  • Le volume recueilli lors d'un écouvillonnage ou lors de l'obtention de liquide salivaire par Salivette® peut être hétérogène.

2.2.  Conditions recommandées de recueil du liquide salivaire pour la détection du génome du SARS-CoV-2 par biologie moléculaire (RT-PCR, TMA...) 

Locaux et conditions environnementales 

Afin d'éviter les risques de contamination de l'environnement et des personnes, les conditions de réalisation du prélèvement salivaire et de son analyse doivent suivre les recommandations pour le diagnostic de la covid 19 émises par la SFM, au laboratoire ou en biologie délocalisée.

Modalités de recueil 

Le prélèvement salivaire doit être idéalement réalisé dans les 7 jours après le début des symptômes ou le contact avec une personne positive. Le prélèvement de liquide salivaire peut être fait à tout moment de la journée. Il doit être réalisé plus de 30 minutes après la dernière prise de boisson, d'aliment, de cigarette / e-cigarette, d'un brossage des dents ou d'un rinçage bucco-dentaire. Il doit être impérativement fait sans effort de toux ou raclement de gorge. Il est recommandé de recueillir le liquide salivaire après avoir « salivé » plusieurs fois pendant 30 secondes dans la bouche pour générer un certain volume (entre 1 et 2 mL).

Quelle que soit la situation, le recueil de liquide salivaire par écouvillonnage de la face interne des joues n'est pas recommandé pour la détection du SARS-CoV-2 par biologie moléculaire.

Pour les personnes qui peuvent saliver, le recueil dans un flacon sec et stérile est privilégié. L'embouchure du flacon doit être assez large pour recueillir facilement la salive. Ainsi, les flacons stériles à ouverture large habituellement utilisés pour le recueil d'urine ou de selles et les tubes de 50 mL sont adaptés. A défaut, la salive peut être récupérée à l'aide d'un système dédié en se conformant aux modalités prévues par le fabricant. Certains automates ou plateformes sont liés à des « kits de prélèvement salivaire » comprenant le flacon de recueil, une pipette et un tube contenant un tampon inactivateur prêt à l'emploi pour une extraction automatisée.

Pour les personnes ayant des difficultés pour saliver ou pour comprendre les consignes, le liquide salivaire est prélevé sous la langue à l'aide d'une pipette puis transféré dans un contenant adapté. Cela concerne en particulier les enfants de moins de 3 ans qui ne savent pas cracher et souvent les enfants de moins de 5 ans qui ont très fréquemment des difficultés à cracher.

En fonction des recommandations du laboratoire effectuant l'analyse, l'échantillon salivaire peut être préparé (dans le respect des conditions de sécurité biologique) avant son envoi au laboratoire de la manière suivante :

  • Recueil du liquide salivaire dans un flacon sec et stérile puis transfert à l'aide d'une pipette ou recueil direct à la pipette d'une quantité de 300 μL à 500 μL dans un tube contenant 2 à 3 mL de milieu de transport virologique ou de tampon PBS (phosphate buffered saline), ou dans un tube contenant un tampon inactivateur compatible avec le processus analytique (vérifier préalablement la compatibilité entre le tampon utilisé et la technique du laboratoire).
  • Possibilité de faire le recueil directement dans le tube contenant le tampon (milieu de transport virologique ou tampon PBS ou tampon inactivateur), tube sur lequel un trait de jauge indique le niveau à atteindre impérativement après ajout de liquide salivaire.
  • L'échantillon de liquide salivaire frais recueilli (1 mL à 2 mL dans un flacon sec et stérile) peut éventuellement être directement transmis au laboratoire. Cependant, il convient de respecter impérativement les préconisations émises par le laboratoire effectuant l'analyse.

Volume minimal de recueil 

Un volume minimal de 1 mL de liquide salivaire frais ou de liquide salivaire mélangé en tampon permet théoriquement la réalisation de toutes les techniques de dépistage en biologie moléculaire et le stockage pour la réalisation de techniques complémentaires. Il convient de définir impérativement les modalités de recueil, le volume minimum nécessaire et la compatibilité entre le tampon et la technique utilisée avec le laboratoire de biologie médicale effectuant la détection du SARS-CoV-2 sur liquide salivaire. Il est recommandé au laboratoire de distribuer des flacons témoins (gabarit) pour faciliter la vérification de la bonne quantité de liquide salivaire recueilli lors des auto-prélèvements supervisés et non-supervisés.

Cas particulier du recueil par auto-prélèvement non-supervisé

  • La supervision lors de l'auto-prélèvement salivaire permet de s'assurer du respect des modalités de prélèvement pour obtenir un liquide salivaire, du volume et de l'identitovigilance.
  • Le recueil non-supervisé par auto-prélèvement de salive, pour les personnes capables de saliver, est techniquement possible sous réserve que le patient reçoive au préalable une information détaillée par un professionnel de santé habilité (incluant notamment : précautions, modalités et volume minimum de recueil ; fermeture-décontamination-identification-emballage du dispositif de prélèvement ; modalités de conservation) et le matériel adapté qui est délivré par le laboratoire prenant en charge l'analyse. Cependant, si cet auto-prélèvement s'effectue sans supervision, le compte-rendu d'analyse devra préciser que l'identité du patient ne peut pas être certifiée, ce qui n'est pas compatible avec un rendu de résultats dans un cadre réglementaire (tests obligatoires, transport aérien, aptitude au travail...). De plus, le laboratoire réalisant l'analyse ne peut pas formellement garantir les bonnes conditions de volume et de respect des conditions pré-analytiques.

Il est recommandé de réserver la pratique de l'auto-prélèvement non supervisé du liquide salivaire à des campagnes de dépistage massif à visée épidémiologique.

3.  Transport du liquide salivaire à destination du laboratoire d'analyses médicales 

Le dispositif de prélèvement doit être fermé hermétiquement, décontaminé avec un traitement désinfectant usuel virucide, être clairement identifié (nom, prénom, date de naissance, date et heure du recueil du prélèvement). L'acheminement doit respecter les règles d'emballage et de transport des échantillons humains destinés au diagnostic du SARS-CoV-2 et suivre les recommandations du laboratoire prenant en charge l'analyse.

Quelles que soient les modalités de recueil, le délai d'acheminement au laboratoire doit être le plus court possible afin de pouvoir communiquer le résultat dans les 24 heures (comme pour le prélèvement nasopharyngé) ; il est recommandé de ne pas dépasser 12 heures. L'échantillon de salive (dilué en milieu de transport/tampon ou non dilué) est conservé à température ambiante ou à + 4 °C le temps de son transfert au laboratoire. Le laboratoire effectuant l'analyse pourra donner des conseils particuliers sur cette phase de transport, notamment pour certains tampons de lyse qui doivent avoir des conditions de conservation strictes (à l'abri de la lumière, à température ambiante ou réfrigérée...).

C. Quelles performances attendre des tests d'amplification génique en fonction du type de prélèvement ?

1. Prélèvement nasopharyngé

La sensibilité et la spécificité des tests d'amplification génique qui utilisent des prélèvements nasopharyngés est proche de 100 % quelle que soit la technique d'amplification utilisée. Dans son avis du 22 janvier 2021, la Haute Autorité de Santé (HAS), après revue de la littérature, conclut à une sensibilité de 92 % avec un intervalle de confiance à 95 % entre 90 et 94 % pour les tests RT-PCR.

2. Prélèvements salivaires

Pour les tests RT-PCR, la sensibilité globale est estimée à 85 % (IC 95% 82-87) et il n'y a pas de différence significative entre patients symptomatiques et asymptomatiques. Ce chiffre est donc supérieur au seuil minimum de 80 % recommandé par la HAS.

Pour les tests RT-LAMP :

  • Le système « intégré » Easy-COV® qui utilise exclusivement des échantillons salivaires est destiné à une utilisation « au lit du malade » (point of care). Il montre chez le patient symptomatique une sensibilité de 84 % et une spécificité de 92 %. Son usage est autorisé. Avec les systèmes non intégrés, sur prélèvement salivaire, la sensibilité et la spécificité ont été estimées respectivement à 75 % et 94 % chez les patients symptomatiques ; les données sont insuffisantes chez les patients asymptomatiques. 
  • Dans ce contexte, la HAS a autorisé la réalisation de tests diagnostiques par RT-LAMP sur système intégré Easy-COV® uniquement chez le patient symptomatique.

D. Indications des différents types de prélèvements

1. Personne symptomatique suspecte d'infection par le SARS-CoV-2 et dépistage chez les personnes-contacts

Le prélèvement nasopharyngé reste la référence et le prélèvement de première intention. Le prélèvement salivaire peut être fait en seconde intention si le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficile. La conduite à tenir pour les patients testés positifs et les personnes contact est rappelée ici.

2. Personne asymptomatique

2.1. Avis de la Haute Autorité de Santé

Le prélèvement salivaire est indiqué en première intention dans le cadre d'un dépistage itératif ciblé à large échelle sur une population fermée (écoles, collèges, lycées, personnels d'EHPAD ou d'établissement de santé…).

2.2. Identification de publics prioritaires par le Haut Conseil de santé publique

Le HCSP a établi une priorisation de certains publics susceptibles de bénéficier de prélèvements salivaires pour le diagnostic de covid 19 par RT-PCR, compte tenu des limites capacitaires.

Professionnels en établissements de santé (ES) ou en établissements médico-sociaux (EMS)

  • Dépistage hebdomadaire itératif pour l'investigation d'un cluster ;
  • Dépistage à J0 et à J7 après une exposition à risque.

Patients hospitalisés en ES

  • Dépistage hebdomadaire répété pour l'investigation d'un cluster ;
  • Dépistage après une exposition à risque à J0 en maintenant le dépistage à J7 par RT-PCR sur un prélèvement nasopharyngé.

Résidents en EMS

  • Dépistage hebdomadaire itératif pour l'investigation d'un cluster ;
  • Dépistage après une exposition à risque à J0 en maintenant le dépistage à J7 par RT-PCR sur un prélèvement nasopharyngé.

Personnes intervenant ou visitant un proche résidant en EMS

  • Chez les personnes non vaccinées ou n'ayant reçu qu'un schéma vaccinal anti-covid 19 incomplet, dépistage salivaire par RT-PCR, en remplacement du test antigénique nasopharyngé.

Priorisation du dépistage par prélèvement salivaire

  • en cas d'impossibilité de réalisation d'un prélèvement nasopharyngé ;
  • en cas de réalisation de dépistages itératifs (investigation et suivi de cluster) ;
  • privilégier les soignants et personnels d'EMS pour les dépistages itératifs pour suivi de cluster et d'exposition à risque pour les protéger, maintenir les ressources en personnels, détecter rapidement les situations à potentiel épidémique en améliorant l'acceptabilité des prélèvements.

Le HCSP propose de remplacer le prélèvement nasopharyngé par un prélèvement salivaire pour le deuxième prélèvement à J7 chez les patients et les résidents, ainsi que pour le dépistage chez les personnes intervenant ou visitant un proche résidant en EMS.

2.3. La place de la RT-PCR sur prélèvement salivaire dans le cadre du dépistage recommandé pour tous les patients admis en établissement de santé n'a pas été précisée.

2.4. Tests salivaires dans les établissements scolaires

Les tests salivaires sont déployés dans les écoles maternelles et élémentaires en priorité du fait de leur meilleure acceptabilité. Des tests peuvent également être réalisés dans des collèges et lycées, dans le cadre d'études épidémiologiques. Les personnels des écoles et établissements au sein desquels se déroule la campagne de tests salivaires ont la possibilité de se faire tester.

Ces prélèvements sont supervisés par des personnels de santé volontaires de l'éducation nationale, qui pourront être renforcés par des sapeurs-pompiers, des membres des associations agréées de sécurité civile ou des infirmiers libéraux.

Le dispositif concerne les élèves de la zone A depuis le 22 février 2021, les élèves de la zone C depuis le 1er mars 2021 et enfin ceux de la zone B depuis le 8 mars 2021. Des priorités peuvent être définies en fonction des données épidémiologiques.

Ces tests sont organisés de façon aléatoire et répétée, notamment dans les zones où le virus circule fortement avec un objectif de tester 300 000 enfants par semaine.

Lors des opérations de prélèvement, le laboratoire apporte dans l'établissement tout le matériel nécessaire. Un personnel du laboratoire est obligatoirement présent lors de la première opération de prélèvement et peut l'être pour les opérations ultérieures. Lors de la première intervention, il présente la méthode de dépistage et forme les personnels à la supervision du prélèvement. Par la suite, l'encadrement des prélèvements est toujours fait en présence d'un personnel de l'Éducation nationale, pour ne pas laisser les élèves seuls avec le professionnel du laboratoire. Un personnel de santé de l'Éducation nationale est aussi présent pour superviser les prélèvements. S'il ne peut pas être présent, des renforts sont prévus, comme pour les tests antigéniques (autres personnels de santé, secouristes, etc.).

En milieu scolaire, le dépistage par test salivaire n'est pas obligatoire. Les parents sont informés et l'autorisation parentale ou du tuteur légal est nécessaire. Les résultats sont donnés par le laboratoire en charge de l'analyse sous 24 heures aux parents (ou représentants légaux des élèves) ainsi qu'aux médecins conseillers départementaux de l'Éducation nationale.

E. Références

1. Direction générale de la santé

2. Haute Autorité de Santé

  • Avis n°2020.0020/AC/SEAP du 6 mars 2020 du collège de la HAS relatif à l'inscription sur la LAP mentionnée à l'article L. 162-1-7 du CSS, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d'une amplification. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 08 mars 2020.
  • Avis n° 2020.0032/AC/SBPP du 14 mai 2020 du collège de la Haute Autorité de santé portant sur les modalités de dépistage du virus SARS-CoV-2 chez les patients admis en établissement de santé. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 18 mai 2020.
  • Avis n° 2020.0045/AC/SEAP du 7 août 2020 du collège de la HAS relatif à la prise en charge dérogatoire de la détection du génome du SARS-CoV-2 par amplification génique sur prélèvement salivaire en application de l'article L. 165-1-1 du code de la sécurité sociale. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 10 août 2020.
  • Avis n° 2020.047/AC/SEAP du 18 septembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d'une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 18 sept. 2020.
  • Avis n° 2020.0049/AC/SEAP du 24 septembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d'une amplification (RT-PCR) sur prélèvement oropharyngé. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 25 sept. 2020.
  • Avis n° 2020.0081/AC/SEAP du 27 novembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l'acte de détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique RT-LAMP intégrée sur prélèvement salivaire (système EASYCOV). AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 28 nov. 2020.
  • Avis n° 2020.0082/AC/SEAP du 27 novembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l'acte de détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique RT-LAMP sur prélèvement salivaire (hors système intégré de type EasyCoV). AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 28 nov. 2020.
  • Avis n° 2021.0005/AC/SEAP du 22 janvier 2021 du collège de la HAS relatif à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d'une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 23 janv. 2021.
  • Avis n° 2021.0007/AC/SEAP du 10 février 2021 du collège de la HAS relatif aux modifications des conditions d'inscription sur la LAP mentionnée à l'article L. 162-1-7 du CSS, à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d'une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 11 févr. 2021.
  • Avis n°2021.0012/AC/SEAP du 11 mars 2021 du collège de la HAS relatif à l'inscription sur la LAP mentionnée à l'article L. 162-1-7 du CSS, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique isotherme d'amplification médiée par la transcription (TMA) sur prélèvement salivaire. AVIS ET DÉCISIONS DE LA HAS - Mis en ligne le 16 mars 2021.

3. Haut Conseil de santé publique

4. Société française de microbiologie

Remerciements au professeur François SIMON.