L'OMS a classé le 19 décembre 2023 la variante JN.1 du SARS-CoV-2 comme une variante d'intérêt

En raison de sa propagation rapide, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a classé le 19 décembre 2023 la variante JN.1 comme une variante d'intérêt (VOI). Auparavant, JN.1 faisait l'objet d'un suivi dans le cadre de BA.2.86, la lignée parentale classée comme variante d'intérêt (VOI). Cependant, au cours des dernières semaines, le JN.1 a continué à être signalé dans de nombreux pays, et sa prévalence a rapidement augmenté au niveau mondial. Il représente désormais la grande majorité des lignées descendantes de BA.2.86 signalées à la GISAID.

L'OMS s'attend à ce que cette variante entraîne une augmentation du nombre de cas de SARS-CoV-2 dans un contexte de recrudescence d'autres infections virales et bactériennes, en particulier dans les pays qui entrent dans la saison hivernale. L'émergence de JN.1 pourrait accroître le poids des infections respiratoires.

JN.1 est une lignée descendante de BA.2.86, dont l'échantillon le plus ancien a été collecté le # 25 août 2023

. JN1 possède une mutation supplémentaire sur la protéine spike par rapport à la lignée parentale BA.2.86 (mutation L455S).

JN1 possède un avantage de croissance.

Au 16 décembre 2023, 7 344 séquences JN.1 avaient été soumises à la GISAID par 41 pays, soit 27,1 % des séquences disponibles à l'échelle mondiale au cours de la semaine épidémiologique 48 (du 27 novembre au 3 décembre 2023), alors que la prévalence de JN.1était de 3,3% en SE 44 ce qui traduit une augmentation rapide. Il en est de même dans les pays déclarant la plus grande proportion de séquences JN.1 où la prévalence est passée de 10,9 % à 45,5 % pour la France, de 2,1 % à 19,9 % pour les États-Unis, de 1,4 % à 72,7 % pour Singapour, de 1,0 % à 9,9 % pour le Canada, de 1,8 % à 20,4 % pour le Royaume-Uni, et de 1,8 % à 22,9 % pour la Suède.

Cette croissance rapide est observée dans les trois régions de l'OMS qui partagent régulièrement des séquences de SARS-CoV-2, c'est-à-dire la région des Amériques (AMR), la région du Pacifique occidental (WPR) et la région européenne (EUR), l'augmentation la plus importante étant observée dans la région WPR, qui est passée de 1,1 % à la semaine épidémiologique 44 à 65,6 % à la semaine épidémiologique 48.

Les données sur les eaux usées provenant de plusieurs pays à l'approche de la saison hivernale indiquent une importante vague d'infections par le SRAS-CoV-2 dans la communauté (8), mais cela n'a pas encore entraîné de pression sur les systèmes de soins de santé malgré une importante co-circulation d'autres infections virales et bactériennes.

La cinétique de réplication de BA.2.86.1 (lignée parente de JN.1) sur les cellules épithéliales nasales primaires (hNEC) n'est pas plus élevée que celle d'autres variantes dérivées de XBB. Toutefois, il reste à déterminer si la transmissibilité élevée de JN.1 chez l'homme est également associée à une meilleure aptitude sur les cellules épithéliales nasales primaires et d'autres types de cellules, et dans quelle mesure cela est lié à des mutations qui ne concernent pas la protéine spike.

Avec les éléments disponibles à ce jour, le risque d’échappement immunitaire vis-à-vis de JN.1 est considéré comme modéré.

Par rapport à la lignée parentale BA.2.86, JN.1 porte la mutation supplémentaire L455S sur la protéine spike qui renforce considérablement les capacités d’échappement immunitaire. Il a été démontré que des variantes telles que HK.3, porteuses de la mutation L455F, possèdent une transmissibilité et une capacité d'évasion immunitaire accrues par rapport à la variante parentale EG.5.1. Un test de neutralisation utilisant des sérums de rongeurs infectés par BA.2.86 a montré que une efficacité comparable contre JN.1 et BA.2.86. La capacité de neutralisation des sérums de malades immunisés vis à vis de XBB.1.5 et EG.5.1 contre JN.1 est significativement inférieure à celle obtenue vis à vis de HK.1.5 et EG.5.1. Cependant, l'OMS estime que les vaccins actuels continuent de protéger contre les formes graves et les décès dus au JN.1 et à d'autres variantes circulantes du SARS-CoV-2.

Il n’est pas noté d’augmentation des formes sévères de Covid-19 avec JN.1.

Une étude belge portant sur des patients âgés de 65 ans et plus n'a montré aucune différence dans les taux d'hospitalisation avec la variante JN.1 par rapport à la variante non-BA.2.86 (OR : 1,15 [0,74-1,78]) (11). Les données préliminaires provenant de Singapour indiquent un risque d'hospitalisation et une gravité moindres chez les personnes âgées et les jeunes atteints de la variante BA.2.86. Toutefois, les données sont actuellement limitées.

Recommandations émises par l'OMS

L'OMS conseille à la population générale de respecter les mesures suivantes :

• Porter un masque dans les endroits bondés, clos ou mal ventilés, et se tenir à distance des autres, dans la mesure du possible.
• Assurer une ventilation des lieux clos
• Tousser ou éternuer dans le pli du coude, ou dans un mouchoir (se moucher dans un mouchoir à usage unique et le jeter)
• Se nettoyer régulièrement les mains ou utiliser une solution hydro-alcoolique
• Être à jour dans ses vaccinations contre le Covid-19 et la grippe , en particulier si l'on présente des facteurs de risque maladie grave.
• Rester chez soi si on est malade
• Se faire dépister si on présente des symptômes ou si on a été exposé à une personne atteinte du Covid-19 ou de la grippe.

Source : Organisation mondiale de la Santé