Situation de la pandémie de COVID-19 - N°18 - 8 janvier 2022 Annexe (Partie 8)

Publié le 10 jan. 2022 à 10h57

Biographie

- Professeur agrégé du Val-de-Grâce.
- Médecin épidémiologiste.

Liens d'intérêt

- Pas de lien d'intérêt avec l'industrie du médicament

Références

Quelques liens intéressants pour suivre la situation de la pandémie et comme sources de données

Autres liens intéressants

 

Annexes

Annexe 1 : Carte des régions OMS

Annexe 2 : Les différentes sources du système de surveillance du Covid-19 (Source Santé publique France)

 

Annexe 3 : Modes de transmission du nouveau Coronavirus 2019 (schéma René Migliani version du 25 octobre 2020)

 

Annexe 4 : Risques de transmission du nouveau Coronavirus 2019 par des personnes asymptomatiques (D'Ortenzo E, Yazdanpanah Y, Lina B. Dossier Inserm du 16 novembre 2020 Coronavirus et Covid-19 | Inserm - La science pour la santé d'après Jones et al. Jones NR. BMJ 2020;370:m3223;doi: 10.1136/bmj.m3223, Two metres or one: what is the evidence for physical distancing in covid-19? (bmj.com))

                                                        Risque de transmission du SARS-CoV-2 par des personnes asymptomatiques dans différentes situations.

En vert : risque faible. En orange : risque modéré. En rouge : risque fort.

 

Annexe 5 : Mesures anti-covid-19

 

Annexe 6 : « Modèle de l'Emmental suisse » pour prévenir une pandémie virale respiratoire [version 3.0] (D'Ortenzo E, Yazdanpanah Y, Lina B. Dossier Inserm du 16 novembre 2020 Coronavirus et Covid-19 | Inserm - La science pour la santé d'après MacKay Ian M. adapté de Reason J. BMJ 2000, doi: https://doi.org/10.1136/bmj.320.7237.768)

 

Modèle de l'Emmental : Se défendre face à une pandémie virale respiratoire

Un seul type d'intervention ne suffit pas

Superposition de couches successives de défenses, de barrières et de sauvegardes

(Traduction : Nathalie Clot, Inserm)

 

Annexe 7 : Les outils numériques pour lutter contre le Covid-19 (Les outils numériques pour lutter contre le Covid-19 - Ministère des Solidarités et de la Santé (solidarites-sante.gouv.fr)

En complément des mesures barrières permettant de lutter contre l'épidémie de Covid-19, le Gouvernement met à la disposition des Français un ensemble d'outils numériques complémentaires qui s'intègrent pleinement dans la stratégie sanitaire « Tester – Alerter – Protéger ».

1. Tester

Pour casser les chaînes de transmission, il est essentiel de savoir si l'on est porteur de la maladie et de pouvoir agir en conséquence. Il faut donc se faire tester.

Afin de faciliter l'accès aux tests virologiques, le ministère des Solidarités et de la Santé, vous propose une carte interactive vous indiquant les laboratoires et points de prélèvements autour de vous.

Rendez-vous sur depistagecovid.gouv.fr. 

2. Alerter

Une personne malade peut transmettre le virus sans avoir des symptômes, c'est pourquoi il est essentiel de pouvoir contacter et alerter rapidement toutes les personnes rencontrées au cours des jours précédents.

L'application « TousAntiCovid » permet de prévenir toutes les personnes qui ont été à proximité d'une personne testée positive afin qu'elles puissent s'isoler (pour ne pas transmettre le virus à leur tour si elles ont été contaminées) et être prises en charge le plus tôt possible. Téléchargez l'application sur les stores. 

1-TousAntiCovid Bluetooth            2- TousAntiCovid Signal                  3-TousAntiCovid Carnet                  4. Et aussi...                                                                       

3. Protéger

Afin d'empêcher la propagation du virus, et de contaminer leurs proches, les personnes testées positives et les personnes contacts doivent s'isoler pendant 7 jours, puis respecter rigoureusement les mesures barrières pendant les 7 jours suivants.

Pour connaître le comportement adapté à chaque situation individuelle, le ministère des Solidarités et de la Santé a mis en place le site mesconseilscovid.gouv.fr, qui donne des conseils personnalisés pour agir contre le virus, en fonction de la situation et de la santé de chacun. Ce site permet par exemple de connaître la marche à suivre si l'on est malade ou personne contact.

Obtenez en 3 minutes des conseils personnalisés pour prendre soin de votre santé et de celle de vos proches.

 

Annexe 8 : Impact de la pandémie. René Migliani

L'impact observé de la pandémie de Covid-19 varie selon les pays et territoires en fonction de plusieurs facteurs d'ordre socioéconomique, démographique, sanitaire et environnemental, qui coexistent, vont interagir et peuvent s'exacerber les uns les autres (niveau de développement, structure de la population, immunité anti-coronavirus préalable (Référence a), degré d'application des gestes de prévention, maladies chroniques, développement sanitaire, type de climat). On parle depuis les années 1990 de syndémie, concept que l'on doit à l'anthropologue américain Merrill Singer (Références b-c).

Les comparaisons internationales sur l'importance de la pandémie s'appuient le plus souvent sur les décès déclarés rapportés à 1 million d'habitants. Les conclusions de ces comparaisons doivent être prudentes en raison selon les pays des différences de structure de populations, des différences de prise en charge des personnes âgées et dépendantes, des différentes définitions des établissements prenant en charge des personnes âgées et dépendantes et des différentes approches d'enregistrement des décès. En France par exemple le système de surveillance des décès comptabilise les décès survenus dans les Établissements sociaux et Médico-Sociaux (ESMS) dont font partie les Établissements d'Hébergement pour Personnes Agées (EHPAD). Les ESMS chez les anglophones sont appelés « Nursing Home » ou « Care Home ».

A ces décès précoces dans les structures sanitaires et médico-sociales, il faut ajouter les décès retardés et les inévitables décès dus à la Covid-19 survenus à domicile, chez les sans domicile fixe et les sans-abri. La part de ces décès hors structures de santé notamment en Afrique sub-saharienne est sans doute importante. En Guinée par exemple le 12 décembre 2021, le nombre des décès hospitaliers attribués à la Covid-19 est égal à 388 et les décès communautaires positifs à l'infection SARS-CoV-2 sont au nombre de 296 sans que l'on ne soit certain que la Covid soit à l'origine de ces décès et qui ne sont pas pris en compte dans les données OMS, ce qui représente 43 % des décès avec Covid-19 (Référence d). Les études rétrospectives en fin de pandémie permettront d'évaluer au plus près les décès directement liés à la Covid-19 (dans les structures de santé et hors structures de santé), auxquels s'ajouteront les décès indirects (suicides, maladies graves non prises en charge durant la pandémie, arrêt partiel ou total des programmes de prévention).

Références

a- Sajar M et al. Recent endemic coronavirus infection is associated with less-severe Covid-19. JCI 2021;131(1):e143380 https://doi.org/10.1172/JCI143380

b- Singer M, Bulled M, Ostrach B, Mendenhall E. Syndemics and the biosocial conception of health. Lancet March 04 2017;389:941-50  https://doi.org/10.1016/S0140-6736(17)30003-X

c- Andermann A. Les éclosions dans l'optique de la syndémie : de nouvelles notions pour améliorer la santé des Autochtones. Relevé des maladies transmissibles au Canada 2017;43:140-8. https://doi.org/10.14745/ccdr.v43i06a02f.

d- SITREP Covid-19 n°614 du 13 décembre 2021.

Estimation quotidienne de l'excès de décès dans le monde (The Economist : mise à jour 8 décembre 2021)

Le véritable bilan de la pandémie | L'économiste (economist.com)

 

Annexe 9 : Distribution des pays et territoires du monde en fonction de la proportion d'habitants âgés de 65 ans et plus (source Nations-Unies, Division de la population, World Population Prospects - Population Division - United Nations)

 

Annexe 10 : Diffusion mensuelle de la pandémie de Covid-19

 

Annexe 11 : Distribution des courbes épidémiques de quelques pays des Amériques, d'Asie et du Pacifique de janvier 2020 au 12 décembre 2021 (les échelles diffèrent selon les pays)

Annexe 11 (Suite) : Distribution des courbes épidémiques de quelques pays d'Europe, de Méditerranée orientale et d'Afrique de janvier 2020 au 12 décembre 2021 (les échelles diffèrent selon les pays)

 

Annexe 12 : Mois de déclaration du 1er cas dans les pays et territoires de la région Afrique et du Sud de l'Océan Indien

 

Annexe 13 : Consortium EMERGEN (Consortium EMERGEN (santepubliquefrance.fr)

Le projet EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne), coordonné par Santé publique France et l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, vise à déployer sur l'ensemble du territoire national un système de surveillance génomique des infections à SARS-CoV-2.

L'objectif de ce projet est de suivre l'évolution génétique du virus SARS-CoV-2 pour détecter l'émergence et la distribution spatio-temporelle de variants, c'est-à-dire de virus présentant des mutations susceptibles d'avoir des conséquences fonctionnelles, comme par exemple l'infectiosité, la contagiosité, la virulence ou l'échappement immunitaire.

Les 3 axes du Consortium EMERGEN

1-Identifier la part des différents variants circulant sur le territoire (enquête Flash) afin de décrire et de suivre leur circulation et leur évolution dans le temps sur le territoire

2-Identifier de nouveaux variants par l'analyse en continu de la base nationale constituée des résultats de séquençage et des métadonnées associées, quelle que soit leur indication (surveillance, clusters, réinfection, etc.)

3-Nourrir des projets de recherche à partir de ces données normalisées, centralisées et partagées

Quatre piliers stratégiques dans la lutte contre la pandémie de COVID-19

1-En amont du séquençage, la collecte des prélèvements positifs réalisés chez les patients, qu'ils soient issus de l'activité des laboratoires de virologie hospitaliers, des laboratoires de biologie médicale ou de médecins généralistes du réseau Sentinelles. Cette collecte répond à une liste d'indications prioritaires pour le séquençage, et doit concerner l'ensemble du territoire (métropole et DOM).

Dans le cadre de la surveillance génomique du SARS-CoV-2, les prélèvements positifs (RT-PCR) qui sont à adresser aux différents laboratoires de séquençage doivent être accompagnés d'un bon d'envoi. Ce bon d'envoi doit être joint au colis contenant les prélèvements et doit être en parallèle envoyé par messagerie sécurisé au laboratoire séquenceur destinataire de ces échantillons. Télécharger le bon d'envoi activité de séquençage (26/07/21).

2-Séquençage des génomes viraux :

- 4 plateformes de virologie avec des capacités de séquençage à haut débit, qui centralisent et analysent notamment les prélèvements pour séquençage à visée de surveillance (enquêtes Flash) : il s'agit des deux laboratoires du CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoires de l'Institut Pasteur et des Hospices Civils de Lyon) et de deux CNR – Laboratoires experts pour l'appui au séquençage du SARS-CoV-2 (le CHU Henri Mondor (AP-HP) et le pôle infectieux de l'APHM à Marseille). Ces 4 plateformes seront prochainement complétées par quelques autres, sélectionnées après appel à manifestation d'intérêt ;

- un réseau de laboratoires de proximité pour le séquençage à visée interventionnelle (clusters, autre situation anormale), chez des cas positifs de retour de l'étranger ou après criblage positif : répartis sur l'ensemble du territoire, ces laboratoires appartiennent à un réseau coordonné par l'ANRS|MIE ou, depuis le 19 juin 2021, sont des laboratoires de biologie médicale (LBM) bénéficiant d'un conventionnement avec leur ARS pour répondre à ces besoins ;

L'intégration progressive d'autres structures permet ainsi d'accroître les capacités nationales de séquençage

3-En aval du séquençage, une plateforme bio-informatique permettant d'héberger et partager l'ensemble des données issues du séquençage : nommée EMERGEN-DB, son développement et sa maintenance ont été confiés par Santé publique France à l'Institut Français de Bio-informatique (IFB). Elle permet l'analyse et la mise à disposition des données issues de plusieurs milliers de génomes produits chaque semaine. Cette base de données est accessible aux épidémiologistes de Santé publique France et aux chercheurs au sein d'un espace numérique sécurisé. Elle rend possible la restitution d'indicateurs de surveillance, des analyses de risque et la conduite de plusieurs travaux de recherche.

4-Le partage des données grâce au dépôt des séquences produites visant à alimenter deux bases internationales, dans une approche « sciences ouvertes » :

GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) pour un partage rapide avec la communauté internationale de virologie,

- European Nucleotide Archive (ENA) pour ouvrir l'accès à l'ensemble des données brutes de séquençage et permettre des ré-analyses approfondies.

 

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