Conduite à tenir face aux nouveaux variants du coronavirus SARS-Cov2, responsable de la covid 19

Publié le 16 jan. 2021 à 14h55

Biographie

- Professeur agrégé du Val-de-Grâce, professeur invité à l'Université de Bordeaux.

Liens d'intérêt

- Aucune perception de rémunération ou de tout autre avantage de l'industrie pharmaceutique.
- Aucun investissement financier dans une firme pharmaceutique.
- Aucune participation à des études cliniques de vaccins.
- Aucune rémunération ou avantages reçus de l'industrie pharmaceutique.
- Déclaration mise à jour le 25 novembre 2021.

Le coronavirus responsable de la covid 19 (SARS-CoV-2) peut muter. Les variants porteurs des mutations qui procurent un avantage au virus peuvent ensuite être sélectionnés et diffuser dans la population. De nouveaux variants ont été initialement détectés au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil : ils sont aujourd’hui détectés en France et dans de nombreux pays. Ces variants se caractérisent par une transmissibilité accrue et nécessitent donc une surveillance renforcée pour mieux les détecter et mieux les contrôler.

Dans ce contexte, la Direction générale de la santé (DGS) invite les laboratoires d’analyses médicales et les professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 à demander à toute personne venant se faire tester :

  • si elle a séjourné à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement,
  • ou si elle a été exposée à un contact à risque avec une personne ayant séjourné à l’étranger dans les 14 derniers jours. 

Toute réponse positive sera mentionnée dans SIDEP (Système d’Information de DEpistage Populationnel). SIDEP est un système de surveillance qui vise au suivi exhaustif de l’ensemble des tests effectués en France dans les laboratoires de ville et dans les laboratoires hospitaliers pour la recherche du SARS-CoV-2. En cas de risque d'acquisition d'un SARS-CoV-2 provenant de l'étranger,  le champ « pays de provenance » sera renseigné et les personnes concernées devront être orientées vers la réalisation d’un test RT-PCR.

Les échantillons RT-PCR positifs pour ces personnes devront être transmis dans les meilleurs délais au Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires ou aux centres habilités par le CNR pour séquençage des virus.

Face à ces situations, la DGS demande à renforcer la stratégie tester – alerter – protéger, et ce sans attendre la confirmation du diagnostic de variant. Ainsi, toute personne susceptible d’être infectée par un variant du SARS-CoV-2 devra respecter strictement l’isolement. Les professionnels de santé devront sensibiliser les patients en ce sens et à engager, au plus tôt, le contact-tracing pour identifier les contacts à risque, lesquels seront isolés de manière stricte.

Par ailleurs, en raison des variations de la protéine S constatées pour certains variants du SARS-CoV-2, les tests antigéniques ciblant uniquement la protéine S ne doivent pas être utilisés en raison du risque de faux négatif. Les tests antigéniques ciblant d’autres protéines, notamment la protéine N, ne sont pas concernés et peuvent continuer à être utilisés. Cette liste des tests antigéniques permet de savoir quelles sont les cibles visées par chaque test.

La plupart des variants isolés semblent être efficacement prévenus par la vaccination. L'efficacité des vaccins disponibles contre le variant sud-africain doit toutefois être confirmée.

Plus le virus SARS-CoV-2 circule et plus il est susceptible de muter, favorisant la sélection et la diffusion de nouveaux variants. L'obtention d'une couverture vaccinale élevée avec un vaccin efficace contre la transmission virale serait donc le moyen le pus efficace pour prévenir l'émergence de nouveaux variants.  

Source : Direction générale de la santé - DGS Urgent.