Pourquoi la pandémie de covid 19 est-elle associée à une chute majeure des infections respiratoires à virus saisonniers, dont la grippe ?

La plupart des virus respiratoires saisonniers se transmettent sur un mode « gouttelettes », et leur propagation a été considérablement freinée dans plusieurs pays de l’hémisphère Sud au cours du dernier hiver austral ainsi qu’au cours de l’hiver 2020-2021 dans l’hémisphère Nord. Ce phénomène serait attribuable aux mesures physiques de lutte mise en place contre la covid 19 (distance physique de sécurité, port du masque, hygiène des mains, quarantaine, couvre-feu…), mesures qui pourraient donc avoir eu une meilleure efficacité sur les virus saisonniers que sur le SARS-CoV-2 ( 7, 18, 19, 23 ).

Il semblerait cependant que cet effet sur la transmission soit variable selon les virus. Les données de surveillance de la grippe saisonnière permettent d’affirmer que dans les zones tempérées des hémisphère Sud et Nord, l’activité grippale s’est effondrée, seul le Japon ayant signalé une légère augmentation de l’activité grippale au cours de la semaine 5 de 2021, avec une petite flambée épidémique de grippe A(H3N2) ( 1,** 20**). Compte tenu du caractère saisonnier de la grippe, il n’est pas possible à ce jour se savoir quelle sera l’importance prise par cette infection au cours des hivers prochains.

Concernant les autres virus saisonniers (rhinovirus humains, virus respiratoire syncitial, métapneumovirus, coronavirus autres que le SARS-CoV-2), de nombreuses données montrent que leur fréquence s’est effondrée avec la mise en place des mesures physiques de lutte contre la covid. Il semblerait cependant que l’importance de la chute du nombre d’infections impliquant ces virus ait été variable selon les espèces virales et que certains d’entre eux aient « ré-émergé » avec la levée de certaines mesures. Par exemple, si les infections à virus respiratoire syncitial (VRS) se sont effondrées dans de nombreux pays, cela n’a pas été le cas des infections à rhinovirus ( 12, 18, 23 ). De même, la levée de certaines mesures a pu être associée à une recrudescence d’infections à VRS ou à rhinovirus ( 23, 25 ).

La situation est donc hétérogène, et l’identification des mécanismes à l’origine de ce constat épidémiologique est difficile, d’autant qu’à ce jour l’efficacité des mesures physiques de prévention est peu documentée en termes de preuves ( 15 ). Cette nouvelle a pour objectif d’exposer les différents facteurs qui pourraient expliquer cette chute des infections virales respiratoires saisonnières.

Les taux de reproduction** initial des virus** (R0) saisonniers diffèrent. On peut donc supposer que les mesures de lutte contre la covid, en entraînant une réduction du R0 des autres virus se transmettant sur le même mode, devraient aisément ramener le R0 des virus à faible transmissibilité à des taux inférieurs à 1, aboutissant à un arrêt de leur transmission.

Ceci pourrait expliquer l’effondrement majeur des cas de grippe. Une étude menée à Hong Kong a montré que les mesures physiques pouvaient ramener le R0 de la grippe à un niveau inférieur à 1 alors que celui du SARS-CoV-2 demeurait plus élevé ( 6 ). Ceci peut s’expliquer par la différence de R0, le R0 médian de la grippe saisonnière a été estimé à 1,28 (IC 95% 1,19-1,37) ( 4 ), alors que celui du SARS-CoV-2, qui était de 3,32 (IC 95% 2,81 à 3,82 ou 3,24 à 3,39 selon les études) ( 2, 26 ) aurait augmenté de 40 % à 80 % avec le variant VOC 202012/01 ( 24 ). Il faut cependant noter que les infections à VRS ont régressé comme la grippe, alors qu’elles ont un R0 estimé à 3,47, mais qu’inversement les infections à rhinovirus ont persisté alors que leur R0 est évalué à 1,88 ( 22 ). La différence de R0 n’est donc probablement pas le seul facteur en cause.

Le rôle d’une immunité « de groupe » (« herd immunity » en anglais) préexistante vis-à-vis des virus respiratoires saisonniers circulant habituellement a été évoquée comme facteur renforçant l’efficacité des mesures physiques de lutte contre la covid. Ainsi, l’immunité acquise lors des épisodes de grippe saisonnière antérieure aurait pu conférer une immunité partiellement croisée contre les virus grippaux de la saison hivernale en cours ( 23 ).

De plus, dans de nombreux pays, les populations avaient été incitées à se faire vacciner contre la grippe, en particulier dans le but de limiter la surcharge des structures de santé. Une augmentation de la couverture vaccinale a été constatée dans plusieurs pays et a pu participer à l’effondrement constaté de cette infection. Ainsi, aux Etats-Unis, au cours de l’hiver 2020/2021, le nombre de doses distribuées et de doses administrées a augmenté respectivement de 10 % et 15 % par rapport à la saison précédente. En Australie, au 27 mai 2020, 7,3 millions de doses avaient été administrées contre 4,5 millions à la même date en 2029 ; au Royaume-Uni, le nombre de doses administrées a augmenté de 9 % chez les plus de 65 ans et de 25 % chez les 6 mois/65 ans à risque par rapport à la saison 2019/2020) ( 3, 5, 10 ).

D’autres facteurs pourraient expliquer l’efficacité variable des mesures de lutte en fonction des virus, et expliquer en particulier la persistance des infections à rhinovirus. En Australie, malgré les mesures de restriction, les détections de rhinovirus, dont les enfants sont les principaux vecteurs, ont été bien supérieures à la moyenne chez les enfants, alors qu’elles demeuraient rares chez les adultes. Plusieurs hypothèses ont été avancées pour expliquer ce constat :

• L’efficacité des mesures pourrait être d’autant plus importante que la durée de contagiosité est courte. Elle est estimée en moyenne à 4,58 jours, 7,7 jours, 9,4 jours et 10 jours respectivement pour les virus de la grippe, le VRS, les rhinovirus et le SARS-CoV-2 ( 22 ).
• Les mesures physiques pourraient également avoir un effet moindre pour des doses infectieuses basses. Pour les rhinovirus, le SARS-CoV-2 (chiffres extrapolés des données connues pour le SARS-CoV-1), le VRS et les virus de la grippe A, le nombre de particules virales infectantes serait respectivement de 5, 200 à 300, 160 à 640 et 790 ( 8, 9, 14 ).
• Une proportion élevée de formes asymptomatiques est aussi un facteur favorisant la diffusion de l’infection.
• L’efficacité des mesures de lutte seraient moindre contre des virus localisés dans les voies respiratoires hautes (cas des rhinovirus), qu'à l'encontre des virus localisés dans les voies respiratoires basses (cas du VRS) ( 18 ).
• Enfin, l'absence d'enveloppe virale chez les rhinovirus, contrairement aux autres virus saisonniers cités, pourrait réduire la performance du lavage simple des mains et des solutions hydro-alcooliques, en particulier chez les enfants où cette mesure est d’application difficile, et accroitre la stabilité des rhinovirus sur les surfaces inertes, favorisant ainsi leur transmission ( 18 ).

Si le manque de preuves, en particulier d’études randomisées, sur l’efficacité des mesures physiques de lutte contre les infections respiratoires est régulièrement cité, il n’en reste pas moins que plusieurs recommandations et publications évoquent leur efficacité ( 6, 7, 11, 15 ).

• La diminution des échanges internationaux (et à un degré moindre le confinement, le télétravail, les limitations des déplacements au sein d’un même pays) a probablement eu un impact sur l’épidémiologie de la grippe saisonnière. Il a été suggéré que les voyages aériens internationaux et nationaux sont des facteurs importants de l'introduction de la grippe et de sa propagation ultérieure. Moins de déplacements entre pays entraînerait donc une moindre circulation mondiale de la grippe. Il est possible que la diminution du nombre de sources de contamination en provenance de pays de l'hémisphère Sud, due à la fois à la réduction de l'activité grippale et à la diminution des voyages aériens, puisse participer à la faible activité grippale dans les pays de l'hémisphère Nord au cours de l'hiver suivant (2020-21). Dans certains pays, la diminution de la grippe saisonnière malgré l'absence de mesures anti-covid strictes renforce cette hypothèse ( 16 ).
• L’isolement des patients présentant un syndrome grippal dans le contexte de la covid a pu limiter la transmission des autres virus respiratoires.
• L’aspect des courbes épidémiques des infections à rhinovirus en Australie a permis d’évoquer l’impact de la fermeture des établissements scolaires sur la circulation de ces virus.La chute des infections à rhinovirus a coïncidé avec les vacances scolaires, la fermeture des écoles pendant 4 semaines en Nouvelle-Galles du Sud et le retrait volontaire des enfants de l'école par de nombreux parents, soulignant le rôle des enfants dans la circulation des rhinovirus ( 23 ). Au Royaume-Uni, la surveillance des infections à rhinovirus chez l’adulte à compter de la semaine 13 de 2020 a montré une chute des cas pendant le confinement, y compris lorsque les mesures ont été assouplies. Mais avec l’ouverture des écoles à la semaine 36, le nombre de cas a atteint un taux identique à celui de l’année précédente, illustrant les limites des mesures de prévention en place dans les écoles. Les conséquences sur la circulation des virus grippaux pourraient être identiques. Les implications pour le SARS-CoV-2 sont moins claires, car les jeunes enfants semblent moins sensibles à l'infection que les enfants plus âgés ou les adultes ( 21 ). Une évolution identique a été constatée en Nouvelle-Zélande ( 13 ).
• Quant au port du masque, une publication récente évoque une efficacité moins bonne contre les rhinovirus ( 12, 17 ).

La date de mise en route des mesures de lutte contre la covid, mais aussi de leur levée, même partielle, aurait pu avoir un impact sur les autres virus à transmission respiratoire. Un confinement instauré avant le début de la saison grippale aura un effet possiblement renforcé sur la transmission des virus grippaux. Inversement, l'assouplissement des restrictions liées à la covid dans certaines régions d'Australie a été associé à des niveaux élevés d'activité du VRS. Les pics d'activité du VRS sont survenus plus tard que lors des années antérieures, ce qui suggère que les épidémies liées à certains virus à saisonnalité différente ou moins marquée pourraient simplement être retardées et réapparaître lorsque les mesures seront relâchées au-delà d'un certain niveau ( 23 ).

Les modifications de la surveillance des infections respiratoires dans le contexte actuel de covid ont été suspectées d’interférer sur les données recueillies, et on ne peut écarter une « surdétection » des infections à rhinovirus dans certaines études. Par contre, concernant la détection des virus grippaux, il est maintenant admis que si la surveillance en réseau a été moins performante, les autres sources de données ont compensé ce déficit ; la diminution majeure des infections grippales est une certitude ( 1, 20 ).

En conclusion , la pandémie de covid a eu un impact important sur l’épidémiologie des infections virales respiratoires saisonnières. Les modifications constatées sont multifactorielles, mais il est fort probable que la généralisation des mesures physiques de lutte contre la pandémie a eu un rôle majeur. A ce jour, on ne peut déterminer précisément quelles seront les conséquences de la levée partielle ou totale de ces mesures, en particulier quand la couverture vaccinale contre la covid sera satisfaisante, mais on peut craindre une ré-émergence des autres virus respiratoires. L’expérience acquise avec la pandémie devrait permettre d’identifier les mesures préventives les plus performantes qui seront alors à mettre en œuvre. Il serait en particulier intéressant de faire la part entre l’efficacité des mesures physiques individuelles et collectives afin d’identifier celles qui seront les plus efficaces, mais aussi les mieux acceptées par les populations.

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