Mpox : virus recombinant possédant des éléments génomiques des clades Ib et IIb
En décembre 2025 (nouvelle du 10 décembre 2025), le Royaume-Uni a détecté le premier cas déclaré d'une souche recombinante de MPXV de clade Ib/IIb. Après la classification de ce cas et son inscription dans une base de données publique en tant que nouvelle souche recombinante de MPXV, un cas de mpox détecté en Inde en septembre 2025 a été rétrospectivement reclassé comme dû à une souche recombinante étroitement apparentée, d'après les données de séquençage. À ce jour, il s'agit des seuls cas connus de ce virus recombinant.
Cas détecté au Royaume-Uni de Grande-Bretagne et d'Irlande du Nord
Ce cas a été identifié suite à l'analyse d'un prélèvement vésiculaire effectué chez un voyageur de retour d'un pays de la région Asie-Pacifique en octobre 2025. Le virus a initialement été typé comme MPXV de clade Ib par qPCR. Le séquençage complet du génome a révélé que la souche de MPXV identifiée était distincte des autres souches connues de MPXV du clade Ib. L'analyse phylogénétique a indiqué que son génome présentait des régions similaires aux séquences de référence des MPXV des clades Ib et IIb, suggérant qu'il s'agissait d'un recombinant inter-clade. Un séquençage répété a donné des séquences génomiques virales identiques pour deux écouvillons cliniques et l'isolat cultivé, confirmant ainsi l'existence d'une nouvelle souche recombinante et démontrant sa capacité de réplication et son potentiel de transmission. Cette souche est un MPXV recombinant, contenant des éléments génétiques des MPXV des clades Ib et IIb. Un petit nombre de contacts ont été identifiés et suivis au Royaume-Uni ; aucun n'a développé de symptômes de MPXV. Les professionnels de santé en contact avec le patient portaient un équipement de protection individuelle (EPI) complet lors de la prise en charge médicale. Les autorités du Royaume-Uni poursuivent leurs investigations sur l'importance de cette souche recombinante de MPXV par le biais d'études de caractérisation phénotypique.
Cas détecté en Inde
Le 13 janvier 2026, le Point focal national du RSI en Inde a notifié à l'OMS un cas de mpox dû à un recombinant inter-clade du MPXV. Le séquençage du génome entier a révélé la présence d'éléments génomiques des clades Ib et IIb du MPXV.
Le virus recombinant a été détecté dans des prélèvements effectués chez un homme atteint de mpox, qui s'était présenté pour des soins en septembre 2025. Le patient avait déclaré avoir récemment voyagé dans un pays de la péninsule arabique, où il réside en tant que travailleur expatrié.
Il a développé des symptômes le 1er septembre 2025, alors qu'il se trouvait encore à l'étranger. À son retour en Inde, une PCR en temps réel a confirmé l'infection par le MPXV le 11 septembre 2025. Une PCR de différenciation de clade, réalisée le 15 septembre 2025, a initialement identifié ce virus comme appartenant au clade II du MPXV. L'analyse initiale du séquençage génomique a suggéré des caractéristiques compatibles avec le clade IIb du MPXV. Suite à la mise à jour de la base de données mondiale Nextclade le 16 décembre 2025, incluant la souche recombinante MPXV de clade Ib/IIb signalée au Royaume-Uni, le virus isolé chez le patient en Inde a été reclassé comme appartenant à cette souche recombinante. L'analyse de recombinaison a révélé des profils mosaïques contenant des régions génomiques issues des deux clades parentaux.
Le patient a été hospitalisé, n'a présenté aucune complication médicale et a guéri complètement. Son test de dépistage du MPXV s'est révélé négatif le 29 septembre 2025. Aucun contact étroit n'a été signalé en Inde et aucun cas secondaire n'a été identifié suite à l'introduction de cette souche recombinante MPXV de clade Ib/IIb dans le pays.
Le séquençage complet ou quasi complet du génome (>99 %) à partir de l'échantillon initial et d'un isolat viral dérivé de cet échantillon a permis une analyse phylogénétique montrant une similarité supérieure à 99,9 % avec la souche recombinante détectée au Royaume-Uni. Ce cas en Inde représente donc la détection la plus précoce connue de cette souche recombinante au niveau mondial, antérieure à l'événement rapporté au Royaume-Uni.
La recombinaison est un processus naturel connu qui peut se produire lorsque deux virus apparentés infectant le même individu échangent du matériel génétique, produisant ainsi un nouveau virus. Le premier cas a été détecté au Royaume-Uni, la personne concernée ayant voyagé dans un pays d'Asie du Sud-Est, et le second en Inde, la personne concernée ayant voyagé dans un pays de la péninsule arabique. L'analyse détaillée des génomes viraux montre que les deux individus ont contracté la même souche recombinante à plusieurs semaines d'intervalle, ce qui suggère l'existence possible d'autres cas non encore signalés.
D’après les informations disponibles, l’évaluation globale des risques pour la santé publique liés au mpox par l’OMS reste inchangée : le risque est considéré comme modéré pour les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes avec des partenaires nouveaux et/ou multiples, ainsi que pour les travailleurs du sexe et les personnes ayant de multiples partenaires sexuels occasionnels, et comme faible pour la population générale sans facteurs de risque spécifiques.
Source : Organisation mondiale de la Santé